Josh, 16 ans, travaille dans une librairie tenue par un couple : Nicolas et Pernelle. Un jour, des hommes déboulent dans la boutique et la détruisent au moyen d’étranges pouvoirs. Nicolas riposte, usant lui aussi de magie, mais ne parvient pas à empêcher les hommes d’emporter un livre. Josh et sa sœur jumelle, Sophie, découvrent alors que le libraire est Nicolas Flamel, le célèbre alchimiste du XIVe siècle. Lui et sa femme ont survécu grâce au livre volé qui contient la recette de l’élixir de vie. D’après Nicolas, Josh et Sophie sont les jumeaux de la prophétie, ceux qui pourront reprendre le livre des mains de Dee, un sombre magicien allié à des créatures immortelles plus sombres encore... Mais si l’alchimiste se trompait ? Il mourrait et le monde basculerait dans une ère de ténèbres infinies.